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2008年2月13日、法務省内で開かれた検察長官会同で、鹿児島県の志布志事件について「冤罪と呼ぶべきではない」と発言した。本事件は被告人全員の無罪が確定しており、無実の人間に有罪の確定判決が下ることを指す厳密な解釈からすれば、確かに冤罪事件とは言えないという指摘もある（冤罪の項も参照）。なお、広辞苑によると冤罪とは「無実の罪」というあいまいな意味である。一方で、一部のマスコミは（誤用に基づいた感覚で不快に感じるものであっても）関係者の感情を尊重していないと批判している。鳩山は「冤罪という言葉は、全く別の人を逮捕し、服役後に真犯人が現れるなど百パーセントぬれぎぬの場合を言い、それ以外の無罪事件にまで冤罪を適用すると、およそ無罪というのは全部冤罪になってしまうのではないか」と釈明した。この発言は無実の人間に過酷な取調を行い、起訴した検察側の姿勢を擁護し、無罪判決に疑問を呈する不適切な発言と受取られ、大きな波紋を呼んだ[32]。後日、このような冤罪の定義こそが法務省・検察が常日頃から言っていることだと責任転嫁するような発言もしている

翌日の衆議院予算委員会で、社民党の保坂展人議員からこれについて質問を受けた時、鳩山法相は「元被告が『冤罪が晴れた』とおっしゃるのを、私は否定する何の根拠も持っていない。私の発言で元被告の方々が不愉快な思いをしたなら謝罪しなければならない」と前日の発言を撤回・陳謝した。さらに「今後は公式の場で冤罪という言葉は使わない」「冤罪は意味が不確実だ」とも述べた
この件については、町村信孝官房長官も鳩山に「不適切な捜査は是正しなければいけないと強調すべきだった」と苦言を呈している