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2008年3月22日、地元福岡県久留米市であった自身の後援会主催のパーティーで演説し、死刑廃止論には与しないと発言した

安倍改造内閣での法務大臣としては最後となる2007年（平成19年）9月25日午前の記者会見の席において、「法相が絡まなくても自動的に死刑執行が進むような方法があればと思うことがある」「（死刑執行は刑確定から半年以内という規定について）法律通り守られるべき」「ベルトコンベヤーというのは何だが、（執行の順序が）死刑確定の順序なのか乱数表で決まっているのか分からない」と、死刑執行制度の在り方について踏み込んだ発言をした。午後に福田内閣で法相に再任されたときの会見でもほぼ同様のことを述べたが「乱数表というのは不適切だと思った」とも述べた。このほか、「『この大臣はバンバン執行した、この大臣はしないタイプ』などと分かれるのはおかしい。できるだけ、粛々と行われる方法はないかと考えている」と述べたうえで、改善も視野に入れた勉強会を省内で設けたい意向を示した。

鳩山は安倍政権下では安倍改造内閣が短命に終わったために死刑執行命令を発令しなかったが、再任された福田政権下では2007年（平成19年）12月（3人）、2008年（平成20年）2月（3人）、2008年（平成20年）4月（4人）、2008年（平成20年）6月（3人）と4回（計13人）の死刑執行を命令した。これは、1993年（平成5年）3月の死刑執行再開以降の法相では最も多い数字であり、前述の弁の通り現行法の遵守へ勤勉に努めた。また、過去の例からはそれまで死刑執行は死刑執行の間隔が長く国会閉会中や内閣改造直前に行われる傾向があったため、8月・9月・12月が死刑執行が多い月として一般的に認知されていたが、鳩山は国会開会中である2008年（平成20年）2月・4月・6月と2ヶ月間隔で死刑執行されたことが注目された。

2007年（平成19年）12月の執行では、現行憲法下では初めて、執行対象となった死刑囚の氏名を公表し、以降の執行でも死刑囚の氏名の公表を行っている。同日の衆院法務委員会では、「国家権力によって人の命を絶つわけで、斎戒沐浴（さいかいもくよく）してサインをさせていただいた。大きな心の痛みを感じるが、法に基づいて粛々と実行しなければいけないということで、逃げることのできない責務と思って執行させていただいた」と、法務大臣閣議後記者会見では、「本日3名の方に執行いたしました。ご冥福をお祈りします。果たさなければならない職務であると、それをもって踏み切りました」と述べた。

2008年（平成20年）6月の執行では、弁護団が再審に向けた準備を進めて鳩山に執行延期を求める要望書を提出していた東京・埼玉連続幼女誘拐殺人事件の死刑囚である宮崎勤について、「事件の残虐性を考えると執行を猶予することはできない」として死刑を執行した。宮崎勤は世間から大きく注目を集めた凶悪事件の死刑囚だったため、宮崎勤の死刑執行は鳩山がサインを出した死刑執行の中では最も大きな注目を集めた。

この直後に朝日新聞夕刊コラム「素粒子」が鳩山を「永世死刑執行人」「死に神」などとして紹介。これに対し鳩山が「軽率な文章。死刑囚を冒涜するものだ」と抗議した。全国犯罪被害者の会も朝日新聞社に公開質問状を出す事態に至った（詳細は後述）。

2010年（平成22年）末、番組のインタビューの中で「最も凶悪な事犯の一つだと思うから、宮崎を執行すべきと思うが検討しろと。私から指示しました、実は」と宮崎勤の死刑執行について当時の経緯を述べた